Ο 4-βάλβιδος Unicam® κινητήρας 249κ.εκ. της CRF250R είναι εφοδιασμένος με κεφαλή, έμβολο και μπιέλα που έχουν εξελιχθεί από το HRC. Ο εκκεντροφόρος είναι νέας σχεδίασης και συνεργάζεται με νέες βαλβίδες εισαγωγής και εξαγωγής που έχουν κατασκευαστεί από τιτάνιο. Το επανασχεδιασμένο φιλτροκούτι εξασφαλίζει μεγαλύτερη ροή αέρα, ενώ το βελτιωμένο σύστημα διπλού ψεκασμού PGM-FI και η επανασχεδιασμένη εξάτμιση μεγάλης διαμέτρου τελικά παρέχουν βέλτιστη τροφοδοσία, καύση και αποβολή καυσαερίων. Η ροπή στις χαμηλές στροφές έχει βελτιωθεί περαιτέρω, ενώ ταυτόχρονα οι απώλειες στη μεσαία κλίμακα παραμένουν μηδενικές. Στις υψηλές στροφές, οι αισθήσεις μπαίνουν στα κόκκινα, καθώς ο κινητήρας αποδίδει περισσότερη ωφέλιμη ισχύ και παράλληλα πετυχαίνει μεγαλύτερη άνοδο των στροφών για ελαχιστοποίηση των αλλαγών σχέσεων. Και φυσικά, όπως ισχύει και για την CRF450R, το σήμα κατατεθέν της CRF250R είναι η άμεση απόκριση και η μοναδική αίσθηση στο γκάζι.

Η μοτοσυκλέτα διαθέτει κουμπί 3 επιλογών οδήγησης EMSB (Engine Mode Select Button), όπως και η μεγάλη αδερφή της. Η επιλογή 1 παρέχει ισορροπία μεταξύ τροφοδοσίας καυσίμου και χαρτών ανάφλεξης για πλήρως αξιοποιήσιμη δύναμη σε μη αγωνιστικούς ρυθμούς. Η επιλογή 2 προσφέρει ομαλή απόδοση της ροπής για περιπτώσεις όπου το έδαφος είναι ολισθηρό. Στην επιλογή 3 παρέχεται πλήρης απόδοση της ισχύος.

Η CRF250R είναι μια αγωνιστική μοτοσυκλέτα motocross με άφθονη δύναμη, μοναδική εμφάνιση και ασυμβίβαστο χαρακτήρα.